|
|
Studium vlivu magnetických polí na biologické tkáně
Vlachová Hutová, Eliška ; Fiala, Pavel (oponent) ; Bartušek, Karel (vedoucí práce)
Práce se zabývá výzkumem působení magnetického pole na raná somatická embrya (RSE) smrku a borovice. Působící magnetické pole je gradientní. Cílem práce bylo seznámit se s těmito magnetickými poli a navrhnout metodiku experimentu, kdy do působících magnetických polí byly vloženy Petriho misky, které obsahovaly vždy 1 shluk RSE. Výsledky experimentu obsahují porovnání metod analýzy obrazu, porovnání různých působících magnetických polí a porovnání růstu vzorků na základě okolní teploty. Součásti práce je i návrh programu pro zjištění velikosti RSE v sejmutém obrazu.
|
|
|
Zpracování obrazu Petriho misek
Adámek, Jakub ; Hradiš, Michal (oponent) ; Zemčík, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá zpracováním obrazu na Petriho miskách. V první části práce je souhrn odborných výrazů a postupů v laboratorní praxi. Následuje přehled zařízení a algoritmů pro analýzu obrazu Petriho misek. V druhé části je návrh a implementace vlastní aplikace pro automatické počítání bakteriálních kolonií, která byla vyvíjena ve spolupráci s mikrobiologickou laboratoří. Aplikace je určena pro mobilní zařízení s operačním systémem Android. Součástí práce je také návrh a vytvoření dvou osvětlovacích jednotek, které slouží jako příslušenství pro dosažení lepších výsledků při analýze Petriho misky. V závěru práce jsou uvedeny dosažené výsledky, porovnání osvětlovacích jednotek a různých typů mobilních zařízení, na kterých byla aplikace testována.
|
|
|
Detekce a lokalizace mikrobiálních kolonií pomocí algoritmů hlubokého učení
Čičatka, Michal ; Vičar, Tomáš (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Díky masivnímu rozšíření hmotnostní spektrometrie a neustálému zdražování lidské práce se v současné době nabízí otázka optimalizace přípravy mikrobiálních vzorků. Tato diplomová práce se věnuje návrhu a implementaci algoritmu strojového učení pro segmentaci obrazů mikrobiálních kolonií kultivovaných na Petriho miskách. Algoritmus bude použit v ovládacím software přístroje MBT Pathfinder společnosti Bruker s. r. o., jehož úkolem je automatizace procesu roztěru mikrobiálních vzorků na MALDI destičky. V rámci práce bylo implementováno několik modelů segmentačních neuronových sítí na bázi architektur UNet, UNet++ a ENet. Na základě množství experimentů zkoumajících různé konfigurace sítí a předzpracování trénovacího datasetu byl pro použití v produkčním prostředí vybrán model ENet s čtyřnásobným množstvím filtrů a přidaným konvolučním blokem enkodéru trénovaný na datasetu obrazů misek s aplikovanou kruhovou maskou.
|
|
|
Detekce a lokalizace mikrobiálních kolonií pomocí algoritmů hlubokého učení
Čičatka, Michal ; Vičar, Tomáš (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Díky masivnímu rozšíření hmotnostní spektrometrie a neustálému zdražování lidské práce se v současné době nabízí otázka optimalizace přípravy mikrobiálních vzorků. Tato diplomová práce se věnuje návrhu a implementaci algoritmu strojového učení pro segmentaci obrazů mikrobiálních kolonií kultivovaných na Petriho miskách. Algoritmus bude použit v ovládacím software přístroje MBT Pathfinder společnosti Bruker s. r. o., jehož úkolem je automatizace procesu roztěru mikrobiálních vzorků na MALDI destičky. V rámci práce bylo implementováno několik modelů segmentačních neuronových sítí na bázi architektur UNet, UNet++ a ENet. Na základě množství experimentů zkoumajících různé konfigurace sítí a předzpracování trénovacího datasetu byl pro použití v produkčním prostředí vybrán model ENet s čtyřnásobným množstvím filtrů a přidaným konvolučním blokem enkodéru trénovaný na datasetu obrazů misek s aplikovanou kruhovou maskou.
|
|
|
Zpracování obrazu Petriho misek
Adámek, Jakub ; Hradiš, Michal (oponent) ; Zemčík, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá zpracováním obrazu na Petriho miskách. V první části práce je souhrn odborných výrazů a postupů v laboratorní praxi. Následuje přehled zařízení a algoritmů pro analýzu obrazu Petriho misek. V druhé části je návrh a implementace vlastní aplikace pro automatické počítání bakteriálních kolonií, která byla vyvíjena ve spolupráci s mikrobiologickou laboratoří. Aplikace je určena pro mobilní zařízení s operačním systémem Android. Součástí práce je také návrh a vytvoření dvou osvětlovacích jednotek, které slouží jako příslušenství pro dosažení lepších výsledků při analýze Petriho misky. V závěru práce jsou uvedeny dosažené výsledky, porovnání osvětlovacích jednotek a různých typů mobilních zařízení, na kterých byla aplikace testována.
|
|
|
Studium vlivu magnetických polí na biologické tkáně
Vlachová Hutová, Eliška ; Fiala, Pavel (oponent) ; Bartušek, Karel (vedoucí práce)
Práce se zabývá výzkumem působení magnetického pole na raná somatická embrya (RSE) smrku a borovice. Působící magnetické pole je gradientní. Cílem práce bylo seznámit se s těmito magnetickými poli a navrhnout metodiku experimentu, kdy do působících magnetických polí byly vloženy Petriho misky, které obsahovaly vždy 1 shluk RSE. Výsledky experimentu obsahují porovnání metod analýzy obrazu, porovnání různých působících magnetických polí a porovnání růstu vzorků na základě okolní teploty. Součásti práce je i návrh programu pro zjištění velikosti RSE v sejmutém obrazu.
|
host ::
RSS.